Neteller jest powszechnie uznawany za bardzo bezpieczny system płatniczy. Firma została założona już pod koniec ubiegłego stulecia, a więc działa od ponad dwudziestu lat. Liczne doświadczenia jakie operator zebrał podczas tak długiej działalności sprawiają, że firma wypracowała znakomite procedury bezpieczeństwa i oczywiście techniczne zabezpieczenia. Wśród nich znajduje się między innymi ochrona domeny certyfikatem bezpiecznego połączenia SSL.
Dzięki temu płatnicy zyskują pewność, że ich dane – na przykład numery kart kredytowych nie mogą zostać przechwycone podczas płatności. Konto można też zabezpieczyć przez uwierzytelnianie dwuskładnikowe. To rodzaj ochrony, dzięki któremu ograniczymy dostęp do konta tylko dla zweryfikowanych urządzeń, na przykład swojego smartfona lub komputera.
Firma oferuje też ochronę przed niedostarczeniem produktu lub niewykonaniem usługi, całkiem podobną do tej, jaką udostępnia choćby PayPal. Można w tym celu zgłosić dysputę transakcji, którą w razie nie dojścia do porozumienia będzie rozstrzygał menedżer konta.
Jako firma zarejestrowana na zależnym terytorium brytyjskim, operator Neteller podlega regulacjom FCA. Jest to urząd, będący odpowiednikiem polskiej Komisji Nadzoru Finansowego, który nakłada wysokie wymagania dotyczące bezpieczeństwa przetwarzania środków i danych klientów. Firma jest zarejestrowana w formie instytucji pieniądza elektronicznego.
Oznacza to między innymi, że musi trzymać oddzielnie depozyty klientów i własne pieniądze. Stanowi to mocną gwarancję, że nawet w przypadku mało prawdopodobnego bankructwa firmy, środki pozostaną niezagrożone.
Można więc spokojnie trzymać na koncie Neteller nawet większe kwoty. Firma jest tak popularna, że powszechnie się reklamuje, a nawet była sponsorem głównym brytyjskiej drużyny futbolowej Crystal Palace. Wysoki poziom zaufania podkreśl poza tym współpraca z Mastercard, która wydaje karty użytkownikom systemu.